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    5hmC或(huò)成为2型糖尿(niào)病血管并(bìng)发症临床监控的重要标志物

    source:TIME:2019-10-01 08:00:00分(fèn)享到:

    2019年10月(yuè)1日,5-羟甲基化胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖(táng)尿(niào)病研究领域取得重要进展。2型糖尿病(T2D)的血管并发症是导致2型糖尿病致残致死(sǐ)的重要病因,一直(zhí)缺乏一(yī)种无(wú)创便捷的临床(chuáng)途径实现(xiàn)血管并发症的发生(shēng)发展监测,达到早发现(xiàn)、早(zǎo)干预,以提高T2D病人的整体生活(huó)质量,减(jiǎn)少(shǎo)卫生经济负担(dān)。


    该研究入组了62例2型糖尿病病人,采用5hmC-Seal技术对血浆cfDNA中表观遗(yí)传标志物5hmC的(de)分布情况进行检测,分析5hmC标(biāo)志(zhì)物与(yǔ)2型糖(táng)尿病血管并(bìng)发症发生发(fā)展的(de)相关(guān)性。结果表(biǎo)明5hmC标志物(wù)的变化与(yǔ)T2D合并大(dà)血(xuè)管/微血管事件具有相关性,主(zhǔ)要涉及一些与血管生物学和糖尿(niào)病(包括胰(yí)岛素耐受和炎症反应)相关(guān)的基因(yīn)和信号通路。该研究(jiū)建立的(de)16个基因-5hmC标(biāo)志物组合检测可以准确区分有并(bìng)发症和(hé)无并发症的2型糖尿(niào)病病人[实验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于传统临床(chuáng)变(biàn)量例如白蛋(dàn)白尿。除此(cǐ)之外,还建立了13个基因-5hmC标(biāo)志物(wù)组合检测,可以进一步区分T2D合并单一并发症和多种并发症[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显优于其(qí)他传统(tǒng)临床变(biàn)量(liàng)。该研究(jiū)得出结论(lùn),5hmC标志(zhì)物反(fǎn)映了T2D病人(rén)大(dà)血管/微血管并发症发生(shēng)过程中的表观遗传(chuán)变化,因而5hmC-Seal检测(cè)技术在监测糖尿病(bìng)血管(guǎn)并发症发生和进展方面具有良(liáng)好的(de)临(lín)床应用前(qián)景。


    试验设计



    本研究共纳入62例(lì)2型(xíng)糖(táng)尿病病人,包括没有(yǒu)血管并发症的病人12例(lì),有单(dān)一血管并发症的病人34例(24例(lì)发生大血管(guǎn)事件,10例(lì)发生(shēng)微血(xuè)管事(shì)件(jiàn)),以及有多种血管并发(fā)症的病人16例。试验收集62例病人血浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕(bǔ)获外周血cfDNA中的5hmC序列,进(jìn)行二代测序,通过生物信息学分析找出并发症组与无并发症(zhèng)组之间有显(xiǎn)著5hmC修饰差异的基因,单一并发症组(zǔ)和多种并发症组(zǔ)之间(jiān)有显著(zhe)5hmC修饰(shì)差(chà)异(yì)的基因。随后利用回归模型对差异基因进(jìn)一(yī)步(bù)筛(shāi)选、优化,弹性网络进一步筛选(xuǎn),计算加权(quán)平均分,最(zuì)后(hòu)得到一组具有高(gāo)度灵敏度和特异性的(de)5hmC生物标记(jì)物,并进一(yī)步在实验(yàn)组(zǔ)中验证,分析其灵敏(mǐn)度和特异性。并将新建立的5hmC标志物基因组合的检测性(xìng)能与传(chuán)统临(lín)床变(biàn)量(liàng)进行(háng)对比分(fèn)析。最后对相关(guān)基因进行了信号通路(lù)分析和功能探究。



    研究结果


    5hmC修(xiū)饰水平与血管并发症具有相关性


    利用(yòng)逻辑回归模型对(duì)62例有并发(fā)症和无并发症2型糖尿病病人的5hmC差异水平进行分(fèn)析发现,有并发(fā)症(zhèng)2型糖(táng)尿病病人的(de)622个差异修饰候选基因(包括上调和下调基因)的归一化平均数要明(míng)显(xiǎn)高于无并发症的病人(P<0.001),但是单一(yī)并(bìng)发症和多发并发症(zhèng)病人之间没有(yǒu)显(xiǎn)著差(chà)异。

    之后将(jiāng)有单一(yī)并发症或多种并发症的50例病人用逻(luó)辑回归模型进行(háng)了对比,发现多种并发(fā)症的病人的153个差异修饰候选基因(包括上调和下调基(jī)因)的归一(yī)化平均数要(yào)低于无并发症病人(rén)(P<0.001)。


    5hmC标志(zhì)物可(kě)区分有无并发症患者


    62例2型糖尿病病人被随机分成训(xùn)练(liàn)组(n=31)和测试组(n=31)。利用弹性网络筛选(xuǎn)后发现,16基因(yīn)-5hmC标志物组合(hé)检测可以(yǐ)用于区分有并(bìng)发症和(hé)无并发症的2型(xíng)糖尿病病人。


    基(jī)于16基(jī)因组合模(mó)型 (Detection Model 1) 的加权平均(jun1)分(fèn)分析,发现无并发症病人的分数(shù)在训练集和测试集中都明显(xiǎn)低于有并发症(zhèng)的(de)病人。只考虑加权(quán)平均分的话,受试(shì)者(zhě)工作特征(zhēng)曲(qǔ)线(ROC)分析(xī)表明将cutoff值设置成0.5时(shí),在(zài)测试组中中的灵(líng)敏度为60%,特异性为100%。



    5hmC标志物可区(qū)分(fèn)病人是单一并发(fā)症还是多种(zhǒng)并发(fā)症(zhèng)


    50例有并发症的2型糖尿病病人被随机(jī)分成训练组(n=25)和测试组(n=25)。利用(yòng)弹性(xìng)网络筛选(xuǎn)后发现(xiàn),13基因-5hmC标志物组合可以区分2型糖尿病病人是否发生单一并发症(zhèng)或多(duō)种并(bìng)发症(zhèng)。


    基(jī)于13基因(yīn)组合模型(xíng) (Detection Model 2), 我们计算(suàn)了单一并发症和多种并发症的加权平均(jun1)分(fèn),发现在训练集(jí)和测(cè)试集中单一(yī)并发症和多种(zhǒng)并(bìng)发症(zhèng)病(bìng)人的分数都(dōu)有明显差异(yì)。值得(dé)一(yī)提(tí)的(de)是,有肾病并发症和无肾(shèn)病并发症病人的分数也(yě)有明显差异。利用加(jiā)权平(píng)均分(fèn)作为判断标准的受试者工作(zuò)特征(zhēng)曲线(ROC)表(biǎo)明(míng),在测试组中(zhōng)当将cutoff值(zhí)设成0.69时,灵敏度(dù)为87.5%,特异(yì)性为68.8%。



    5hmC标志物与传统临床变量/危险因子(zǐ)的(de)对比


    我们评(píng)估了(le)不同临床变量/危险因子用于监测血管并发症(zhèng)的(de)灵敏度(dù)和特异(yì)性(见表1)。

    总体来说,结果表明一(yī)些临床(chuáng)变量(如尿液白蛋白、血清ALT、AST、肌酐、GGT、脂(zhī)蛋(dàn)白a)虽然具(jù)有一定的灵敏度(dù)和(hé)特异性,但是整体准确(què)度(dù)仍然差强人意,因此临床需要更加准确的方法。另外,我们还在训练组中建(jiàn)立5hmC和不同临床变量的多变量组(zǔ)合模(mó)型(xíng)进行(háng)评估,该模型加权平均分的AUC要(yào)明显大于传统临床变(biàn)量的AUC。若将这(zhè)些临床变量(liàng)与加权平均分进行结合,AUC也将进(jìn)一步提高(gāo)。因此,该多变量模型(xíng)表明加权平均分可作为一个独立的指标(biāo)用于(yú)监测2型糖(táng)尿病血管并(bìng)发症。

    信号通路分析和(hé)功能(néng)探究


    有(yǒu)并(bìng)发症和无并发(fā)症病人的135个差异(yì)候选(xuǎn)基因的功能(néng)注释分析(xī)表(biǎo)明,这(zhè)些(xiē)基(jī)因主(zhǔ)要富集(jí)在一些经典的信号通路。错误发现率(lǜ)相关P值位于前10%和(hé)基(jī)因数目≥3的信号通路包括由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导(dǎo)的信号通路。由(yóu)IGF1R和IL-10介导的(de)信号通路与胰岛素(sù)抵抗及炎症(zhèng)反(fǎn)应相关(guān),在血管生物学和糖尿病发生发展过(guò)程中发挥重要作用。

    Reactome相互作用网(wǎng)络的中心表明,泛素编码基因[泛素B (UBB),泛(fàn)素C (UBC),泛(fàn)素A-52亚基(jī)核糖体蛋白融合产物1(UBA52)]是候(hòu)选基因(如(rú)SMAD3FOXD2DRAP1MCIDASMLNPIANPTBCC)的重要连接者。在这135个(gè)差异候选(xuǎn)基因中, 一些(xiē)基(jī)因 (如TNFRSF25P=0.027, HR=6.25; MLNP=0.0021, HR=20.40; CCL3L1P=0.018, HR=0.44)表现出与糖尿病病程相关(guān)的倾(qīng)向(xiàng),表明5hmC和糖尿病血管并(bìng)发症之间(jiān)可能存在(zài)时间依赖性的相互作用。基(jī)于纵向时间(jiān)队列的大样本研究,将可进一步(bù)明确5hmC变化和糖尿病持续时(shí)间之(zhī)间(jiān)的动态关联(lián)。关(guān)于单一并发症和多(duō)种并(bìng)发症病人的159个候选标志基因的功(gōng)能注(zhù)释研究发现,存在(zài)细胞-细胞(bāo)连接(jiē)、胶(jiāo)原蛋白(bái)形成、新陈代谢(xiè)、细胞应激(jī)应答信号通路的富集,这些信号通路(lù)均与细胞(bāo)基本(běn)功能(néng)密切相关。


    研究意义



    血(xuè)管并发症是三分之二(èr)糖(táng)尿病病人的(de)死亡(wáng)原因(yīn),若(ruò)能及早有效控制血管并发症的发生,将极大地改善糖(táng)尿病病人(rén)的生存质量。该研究(jiū)建立(lì)了(le)一种利用(yòng)cfDNA进行2型(xíng)糖尿(niào)病血(xuè)管并(bìng)发症监测的无创(chuàng)便捷方法,较目前(qián)临床(chuáng)标志物(wù)能更准确地监控血(xuè)管并发症的发生(shēng),从(cóng)而提(tí)示临床及早采取应对(duì)措(cuò)施,有效控制病情进展。



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