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    5hmC或成(chéng)为(wéi)2型糖(táng)尿(niào)病血管并发症临床监控(kòng)的(de)重要标志物

    source:TIME:2019-10-01 08:00:00分享到:

    2019年(nián)10月1日,5-羟甲基化胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖尿(niào)病研究(jiū)领域(yù)取得重要进展。2型糖尿病(T2D)的血管并发症是导(dǎo)致2型糖(táng)尿病致残致死的重要病因,一直缺乏一种无创便捷的临床途径(jìng)实(shí)现血管并发症的发生发展(zhǎn)监测,达到早发现、早干预,以提高T2D病人的整体(tǐ)生活质量,减少卫生经济负担。


    该(gāi)研究入组了62例2型糖尿病病人,采(cǎi)用(yòng)5hmC-Seal技术对血(xuè)浆cfDNA中表观遗传标志物5hmC的分布(bù)情况进行检测,分(fèn)析5hmC标志物与2型(xíng)糖尿病血管并发症(zhèng)发生发展的(de)相关性。结果表明5hmC标(biāo)志物的变化(huà)与T2D合并(bìng)大血管/微血管事件具(jù)有相关性,主要涉及(jí)一些与血(xuè)管生物学和糖尿病(包括(kuò)胰岛素耐受和炎症反应)相关(guān)的(de)基(jī)因和信(xìn)号通路。该研究建(jiàn)立(lì)的16个基因-5hmC标志物(wù)组合检测可(kě)以准(zhǔn)确区分有并(bìng)发症和无并发(fā)症的2型糖尿(niào)病病人(rén)[实验组(zǔ):AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于传统(tǒng)临床变量例如白蛋白尿。除此之外,还建立了13个基因-5hmC标志物组合检测(cè),可(kě)以进(jìn)一步(bù)区分T2D合并单一并发症和多种并发症[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显优于其他(tā)传(chuán)统临床(chuáng)变(biàn)量。该研究得出结论,5hmC标志物反映了T2D病人大(dà)血管/微血管(guǎn)并发症发生过程中的表观遗传变化(huà),因而5hmC-Seal检测技(jì)术在监测糖尿病血管并发症发(fā)生和进展(zhǎn)方面具有良好的临床应用(yòng)前景(jǐng)。


    试验设(shè)计



    本研究共纳入62例2型糖尿病病人,包括(kuò)没有(yǒu)血管并发症的病(bìng)人(rén)12例,有单一血管并发症的病(bìng)人(rén)34例(lì)(24例发生(shēng)大血管事件,10例发生微血管(guǎn)事件),以及有多(duō)种血管并(bìng)发症的病人16例(lì)。试验收集62例病人(rén)血浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕获外周(zhōu)血cfDNA中(zhōng)的(de)5hmC序列,进行二(èr)代测序(xù),通过生(shēng)物信息学(xué)分(fèn)析找出并(bìng)发症组(zǔ)与无并发症(zhèng)组之间(jiān)有显(xiǎn)著5hmC修饰差异的基因,单一并(bìng)发症(zhèng)组和多(duō)种并发症组之间有显著5hmC修饰(shì)差(chà)异(yì)的基因。随后利用回归模型对差异基因进(jìn)一步筛选、优化,弹性网络进一步筛选,计算加权平均分,最后得到一组(zǔ)具有高(gāo)度灵敏度和特异性的5hmC生物标记物,并进一步在实验组中验证,分析其灵敏度(dù)和特异性。并将新(xīn)建(jiàn)立的5hmC标志物基因组(zǔ)合的检测性能与传统临床变量进行对比分(fèn)析。最后对(duì)相(xiàng)关基(jī)因进行了信号通路分析和功能探究。



    研究结果


    5hmC修饰水(shuǐ)平(píng)与血管并发症(zhèng)具有相关性


    利用逻(luó)辑回归模型对62例有(yǒu)并(bìng)发(fā)症和无并发症(zhèng)2型糖尿病(bìng)病人(rén)的5hmC差异水平进行分析发(fā)现,有并(bìng)发症2型糖尿病病(bìng)人的(de)622个差(chà)异修饰候选基(jī)因(包括(kuò)上调和下(xià)调基因)的归一化平均数要明显高于无并发症的病人(P<0.001),但是单一并发症和多发并发症病人之(zhī)间(jiān)没有(yǒu)显著差异。

    之后(hòu)将有单一并发(fā)症或多种并(bìng)发症的50例病人用逻(luó)辑回归模(mó)型进行了对比,发现多种并发症(zhèng)的病(bìng)人的153个差异修饰候选(xuǎn)基因(包括上调和(hé)下调基(jī)因)的归(guī)一化平均数要低于无并发症(zhèng)病人(rén)(P<0.001)。


    5hmC标(biāo)志(zhì)物可(kě)区(qū)分有无并(bìng)发(fā)症患(huàn)者


    62例2型糖尿病病人被随机分(fèn)成训(xùn)练组(n=31)和测(cè)试组(n=31)。利(lì)用弹(dàn)性网络(luò)筛(shāi)选(xuǎn)后(hòu)发现,16基因-5hmC标志物组合检测可(kě)以用于区分有并(bìng)发症和无并发(fā)症的2型糖尿病病人。


    基于16基因组合模型 (Detection Model 1) 的加权平均分分析,发(fā)现(xiàn)无并发症(zhèng)病人(rén)的(de)分数(shù)在训练集和测试集中(zhōng)都明显低于有并发症的病人。只考虑加权平均分的话,受试(shì)者工(gōng)作(zuò)特征曲线(xiàn)(ROC)分析(xī)表明将cutoff值设置成0.5时(shí),在(zài)测试组中中的灵敏度为60%,特(tè)异性为100%。



    5hmC标志物可(kě)区分病(bìng)人是单一并发症还是多种并发症


    50例(lì)有并发症(zhèng)的2型糖尿病病人被随机(jī)分成训练组(n=25)和测试组(n=25)。利用(yòng)弹性(xìng)网络筛(shāi)选后发(fā)现,13基(jī)因-5hmC标志物组合可(kě)以区分(fèn)2型糖尿病病人是否发生单一(yī)并发症或多(duō)种并(bìng)发症。


    基于13基因组合模型(xíng) (Detection Model 2), 我们计算了单一并发症和多(duō)种并发症(zhèng)的(de)加(jiā)权平均分,发现在训练(liàn)集和测试集中单一并(bìng)发症和多种并发症(zhèng)病(bìng)人(rén)的分数都有明显差异(yì)。值(zhí)得一提(tí)的是(shì),有(yǒu)肾病并发症和无肾病并发症病人的分(fèn)数也(yě)有明显差异。利(lì)用加权平均(jun1)分作为判(pàn)断标(biāo)准的受试(shì)者工(gōng)作特征曲线(ROC)表明,在测(cè)试组中(zhōng)当将cutoff值(zhí)设成0.69时,灵敏度为87.5%,特异(yì)性为68.8%。



    5hmC标志物与传统临(lín)床变(biàn)量/危险因子的对比


    我们评估了不同临(lín)床变(biàn)量/危(wēi)险因(yīn)子用(yòng)于监测血管并发症的灵敏度和特异性(xìng)(见表1)。

    总体来说,结果表(biǎo)明一些临床变量(如尿(niào)液白蛋白、血(xuè)清ALT、AST、肌(jī)酐、GGT、脂蛋白a)虽然具有一定的灵敏度和特异性,但是整体准(zhǔn)确度(dù)仍然差强人意(yì),因此临床需要更加准确的方(fāng)法。另外,我们(men)还在训练组中(zhōng)建立5hmC和不同(tóng)临床变量的多变量组合模型进行评(píng)估,该模(mó)型(xíng)加权(quán)平(píng)均分的AUC要明显大于传(chuán)统临(lín)床变量(liàng)的(de)AUC。若将这些临床变量(liàng)与加权平均分进行(háng)结合(hé),AUC也(yě)将进一步(bù)提高(gāo)。因此,该多变(biàn)量模型表明加权平均分可作(zuò)为(wéi)一个(gè)独立的指标用于监(jiān)测2型糖尿病血管并发症。

    信(xìn)号通路分析(xī)和功能探究


    有并(bìng)发症和无并发症病(bìng)人的135个差异(yì)候选基因(yīn)的功能(néng)注释分析表明,这些基因主要富集在一些经典(diǎn)的信号(hào)通(tōng)路。错误发现率(lǜ)相(xiàng)关(guān)P值位于前10%和基因数目≥3的信(xìn)号通路(lù)包括由IGF1R, IL-10和FGFR2所介(jiè)导(dǎo)的信号通路。由IGF1R和(hé)IL-10介导(dǎo)的(de)信号通路与胰岛素抵抗及(jí)炎症反应相关,在(zài)血管生物学(xué)和糖尿病(bìng)发生发展过程中发挥(huī)重(chóng)要作用。

    Reactome相互作用网络的中心表明,泛素编码基因[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛(fàn)素A-52亚基(jī)核(hé)糖体蛋白融合产物1(UBA52)]是候选基因(如SMAD3FOXD2DRAP1MCIDASMLNPIANPTBCC)的重(chóng)要连接者。在这135个差异(yì)候选基因中, 一些基因(yīn) (如TNFRSF25P=0.027, HR=6.25; MLNP=0.0021, HR=20.40; CCL3L1P=0.018, HR=0.44)表现出与糖尿病病程(chéng)相关的倾向,表明5hmC和糖(táng)尿病血管并发症之间可(kě)能存在时间依赖性的相互(hù)作(zuò)用。基于纵向时间队(duì)列的大样本研究(jiū),将可进一步明确5hmC变化(huà)和糖尿(niào)病持续时间之间的(de)动态关联。关于单一并发症和多种并发症病(bìng)人的159个候选(xuǎn)标志基因(yīn)的(de)功能注释研(yán)究发现,存(cún)在细胞-细胞(bāo)连接(jiē)、胶原蛋(dàn)白形成、新陈代谢(xiè)、细胞应激应答信号(hào)通路的富集,这些信(xìn)号通路均与细胞基(jī)本功能密切相关。


    研究意义



    血管(guǎn)并发症是三分(fèn)之二糖尿病病人的死亡原(yuán)因(yīn),若(ruò)能及(jí)早有效(xiào)控制血管并发(fā)症的发(fā)生,将极大地改善(shàn)糖尿病(bìng)病人(rén)的生存质(zhì)量。该研究建(jiàn)立了(le)一种利用cfDNA进行2型糖尿病(bìng)血管并发症监测的无创便捷方法(fǎ),较(jiào)目前临床标志物能更准确地监控血管并发症的发(fā)生,从(cóng)而提(tí)示(shì)临床及早采(cǎi)取(qǔ)应对措施,有效控制病情进展(zhǎn)。



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